Die Ninjas gewöhnen sich mit ihrem Sieg gegen das Imperium an ihre neue Normalität. Lloyd kämpft darum, als Ninja, Mentor und Meister des Klosters mitzuhalten. Sie stoppen ein weiteres MergeQuake, aber die Beben werden häufiger. Nyas Nachforschungen führen sie zu einem Tempel und drei Drachenkernen, die die Erdbeben ein für alle Mal stoppen könnten. Unterdessen sinnt Beatrix auf Rache und plant, die Kerne zu stehlen, um sie als Waffe zu verwenden.